Dopo la decadenza del Porto commerciale e della città imperiale di Ostia il territorio vicino alla foce del Tevere era soggetto a numerose e frequenti incursioni barbariche che si spingevano anche lungo il fiume fin dentro la città di Roma. La prossimità del fiume alle saline dello Stagno rendono questa posizione preziosa per un insediamento.
Papa Gregorio IV (827-844) è il primo dei papi a promuovere la costruzione di una nuova città fortificata per difendere quel tratto di costa e la stessa città di Roma. Gli abitanti di Ostia e di Porto erano allora solo un nucleo di pescatori accampati attorno alla basilica paleocristiana di Santa Aurea. Venne edificata una nuova cittadina alle spalle del vecchio abitato Romano che prese il nome di Gregoriopoli. La cinta difensiva della nuova città era in parte fondata sui resti di un acquedotto di età romana.
Il borgo attuale generalmente si fa risalire al complesso degli interventi tardo quattrocenteschi che consistettero nella costruzione di nuove mura e nel rifacimento della cattedrale di Sant’Aurea e successivamente nell’edificazione della rocca di Giulio II tra il 1483 e il 1486. Il complesso cinquecentesco di Ostia, con il magnifico castello di Giulio II ed il borgo fortificato, sorge su un antica ansa del Tevere. In questo luogo il Papa Martino V (1417-1431) fece edificare una torre. Intorno ad essa, prima con l’intervento del cardinale d’Estouteville ed in seguito con quello del Cardinale Giuliano della Rovere (il futuro Papa Giulio II), furono restaurate le mura preesistenti e costruite le case a schiera del borgo. Nel 1485, sotto la direzione dell’architetto Baccio Pontelli, si completarono i lavori sul castello ed il borgo circostante che assunsero una rilevanza strategica di controllo militare e commerciale all’imboccatura del fiume Tevere.
La rocca rappresenta uno dei primi esempi di architettura militare di transizione, dove accanto ad elementi difensivi di derivazione medievale, vi sono anche aspetti innovativi dovuti all’introduzione delle armi da fuoco.
Nel percorso di visita è compreso lo splendido Salone Riario, nell’omonimo Palazzo Vescovile, sorto nel ‘500 nel Borgo e splendidamente affrescato da Balassarre Peruzzi, con soggetti che ricordano la Colonna Traiana.
La grande alluvione del 1557 mutò il corso del Tevere, eliminando proprio l’ansa sulla quale si affacciava Ostia medievale e rinascimentale. La riapertura del canale di Fiumicino o di Traiano nel 1613 fece il resto e la città vide nuovamente venir meno la sua funzione primaria di presidio della foce del Tevere.
Le funzioni doganali che venivano espletate nel castello furono trasferite da prima a Tor Boacciana inseguito a Tor San Michele. Il borgo medievale con il castello si spopolarono anche a causa del progressivo allontanamento della linea di costa che lascia un terreno paludoso e malsano nel quale la malaria si diffuse ad opera della zanzara anofele. Per oltre tre secoli il luogo rimase pressoché deserto e circondato da una sinistra fama di morte. Nel ‘600 un lazzaretto accolse gli appestati. Agli inizi dell’800 il castello venne utilizzato come residenza dei forzati detenuti che venivano impiegati nei lavori di scavo ad Ostia Antica e nei primi interventi di bonifica delle zone paludose. L’unica ricchezza rimase l’estrazione del sale fin quando, alla fine del XIX secolo, i braccianti Romagnoli emigrati alla ricerca di lavoro riusciranno a prosciugare queste terre a prezzo della vita di molti di loro. Posero così le basi per la rinascita del borgo di Ostia antica e la fondazione sul mare di Ostia moderna.